| 目次 | 原始・古代 | 中世 | 近世 | 近代 |
県内各地に発見された遺跡（いせき）からみて、この地には１万５千年ぐらい前から人々が住みついていたと堆定（すいてい）されます。その後、紀元前７，０００年頃から前２世紀頃までの６〜７０００年にわたる縄文（じょうもん）時代の遺跡（いせき）は、有明海や不知火（しらぬい）海にそそぐ河川の流域や天草島など県下各地の約８００ヵ所にわたって発見されています。
紀元前２〜３世紀になると弥生の農耕（のうこう）文化が起こり、その遺跡（いせき）とともに玉名郡天水町ではわが国最古の鉄斧（おの）も発掘（はっくつ）され、金属器が伝来したことを物語っています。古墳（こふん）時代に入ると地南町、宇土半島に古式の古墳群が分布するほか、阿蘇谷、菊水町、鹿央町などに前方後円填（ぜんぽうこうえんふん）を中心とした古填群が発展し、６〜７世妃には菊池川流域に日本有数の装飾古墳（そうしょくこふん）文化が栄えます。この頃になると県内に火国、阿蘇国、天草国などの小国が出来、やがて火の国（または肥の国）、肥後国へと統一されました。
大化改新（たいかのかいしん）の国郡制施行（しこう）によって肥後国にも国府がおかれ、太宰府の管轄（かんかつ）下に国司が政治を統轄（とうかつ）するようになりました。
平安時代に入ると、肥後国には１４の郡ができ、その中に総計９９の郷がありました。また平安中期以降、荘園（しょうえん）全盛の時代になると県下にも阿蘇荘、鹿子木荘、山鹿荘など数十にのぼる大荘園が出来、平安末期にはこれらの荘園の中から武士団が台頭（たいとう）してきます。
やがて鎌倉幕府（かまくらばくふ）によって統一がなされると武士たちは地頭（じとう）や守護（しゅご）に任命されて、それぞれの荘園において勢力を伸ばしていきました。その中には阿蘇氏や菊池氏などのように土着（どちゃく）の豪族（ごうぞく）のほか、人吉の相良（さがら）氏や玉名の小代氏のように幕府成立後、遠く他の地方から赴任してきた一団もありました。
南北朝の頃から菊池氏の勢力が強まり、阿蘇、名和、相良などの諸氏がそれに続いていましたが、室町末期期、菊池氏が衰えると、一時豊後（ぶんご）の大友氏や肥前の竜造寺氏、薩摩（さつま）の島津氏の勢力が伸び、肥後は戦国三大名の争奪（そうだつ）の地となりました。以降、豊臣秀吉の九州平定まで島津氏の勢力下におかれていました。
天正１５年（１５８７）、秀吉は佐々成政を肥後の国主に任じましたが、国衆一揆（こくしゅういっき）が起こり成政は失脚（しっきゃく）。次いで県北及び葦北（あしきた）の９郡２５万石を加藤清正が、県南の３郡２４万石を小西行長が支配することになりました。球磨（くま）は従来通り相良氏が支配しましたが、天草は天草五人衆の支配から小西領、加藤領、唐津城主寺沢領とめまぐるしく変わり、以降幾多の変遷を経ながら明治維新（めいじいしん）まで天領（てんりょう）となりました。
清正の子忠広の時改易（かいえき）された加藤氏のあとを受けて、寛永９年（１６３２）小倉より細川忠利が肥後５４万石を領して入国。政治の組織制度に大きな改革を行うなど、明治維新まで細川氏が統治しました。なかでも地方行政の根幹（こんかん）をなす「手永（てなが）制度」は特筆（とくひつ）すべきものです。これは郡と村との中間にあたる行政区画で、５２手永に編成、それぞれに惣庄屋（そうしょうや）がおり２０〜３０ヶ村を一括（いっかつ）支配していました。
幕末（ばくまつ）近くになると藩（はん）の財政（ざいせい）は次第に苦しくなり、各種の政治改革（せいじかいかく）や植産興業（しょくさんこうぎょう）につとめましたが、まもなく幕藩（ばくはん）体制は崩壊（ほうかい）しました。
明治２年（１８６９）、肥後藩主細川韶邦の版籍奉還（はんせきほうかん）後、肥後藩は熊本藩と改められ、藩主は知藩事（ちはんじ）に任命きれました。同４年の廃藩置県（はいはんちけん）によって熊本藩は熊本県に、人吉藩は人吉県となり、天草は一時長崎県に編入。その後、熊本県と八代県が置かれ、同６年合併して白川県となり、この時はしめて肥後国全体を管轄（かんかつ）することになったのです。同９年熊本県に改名。同１０年には政府の欧化政策（おうかせいさく）に憤った士族（しぞく）たちの反乱・神風連（しんぷうれん）の変が起こり、さらに西南の役の激戦（げきせん）地になるなど新時代誕生の陣痛（じんつう）ともいうべき混乱の時代を迎えます。
この時期を過ぎると県政は保守的な学校派（国権党）と改進党の激しい対立が続き、当時熊本は政争県といわれ、昭和初期の民政党と政友合の時代まで続けられました。一方、両者がそれぞれ設立した教育機関の競争も激しく、教育県とも呼はれていました。
その後数多の変革が行われ、地方制度は徐々に地方の自治の方向に進んでいきました。明治２２年に市制・町村制が施行されるやいち早く熊本市が誕生、同２９年には郡の統合が行われ、昭和２８年公布の町村合併促進法に基づいて市町村の合併が進行。平成３年２月には飽託（ほうたく）郡の４町が熊本市へ合伴（がっぺい）、更には平成15年以降、市町村の合併の特例に関する法律によって、更に合併が進み、平成17年度までに、あさぎり、上天草、美里、芦北、宇城、山鹿、山都、阿蘇、南阿蘇、菊池、八代、氷川、玉名、合志、和水、天草の新しい市町村が誕生、平成２０年には４７市町村となりました。
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